К сожалению Ардуино Мега вам не поможет, потому что она определяется в системе как COM порт, а для того, чтобы превратить её в полноценное устройство ввода, необходимо прошивать не Atmega2560, а Atmega16U, которая стоит на этой же плате как мост между usb и главным контроллером, и тогда в системе появится новое устройство HID (устройство ввода). Но прошить этот мост не просто, к тому же можно запороть прошивку с загрузчиком и ваша Ардуино превратится в кусок железа. На Ардуино Мега можно собрать устройство вывода с лампами и индикаторами. Шаговых двигателей тоже много не повесишь, максимум 4шт. , потому что их работа связана с задержками и паузами, и они будут отнимать у контроллера время. Здесь все-таки самая лучшая, это модульная система на нескольких платах, где каждый модуль занимается своим делом и не мешает остальным.